Aantal berichten : 92 Woonplaats : oostende Registration date : 30-09-08
Onderwerp: sequentiedatabanken di dec 30, 2008 7:48 am
Requested: de te kennen dinges dat hij heeft afgerafeld laatste les... jeroen of davy smijt junder dingen samen en post/mail/fax/vliegmachien/velo/donkeyride het hier thanks your pal Mr.V ;-)
Lamylar 2de jaar BIT+ admin
Aantal berichten : 143 Leeftijd : 34 Woonplaats : Gistel Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken di dec 30, 2008 7:55 am
dit is van griet (beter dan het mijne en da van davy tope )
griet schreef:
theoretisch: zonder pc praktisch: met pc
voorbeeldvragen zeer belangrijk!
HF1a: dia 33-34 kennen welke soorten databanken zijn er? belangrijkste sequentiedatabanken? + voor- & nadelen Refseq
uniprot: universele databank, combinatie van individuele (28)
HF1b: dia 10,12 goed kennen! wat is unigene (24) primaire genoom databanken kunnen opnoemen (45) wanneer ucsc en wanneer ensembl (48) (beschikbare genoomsequenties)
ucsc : praktisch
HF2a NCBI --> unigene praktisch, voorbeeldvraag24; de grens van zoektocht met limieten instellen !!
HF2b Geef mij het eerste exon van een bepaald gen - sequentie ervan je krijgt excessienummer ervan ensembl uscs ncbi voorbeeldvraag 26 !!
HF3a belang van genomebrowsers zeker enkele vragen hiervan
HF4 sequentieallignering waarom gelanceerd, waarom interessant? def van homoloog gemeensch voorouder verschil tussen homoloog, ortholoog ... (7) similariteit (10) definitie dotplot kennen (35) voorbeeldvraag 11 conservatieve substituties ea(27) wat is een affine gap penalty (22) matrices voor proteïnesubstituties blosum en pam !! dotplot ! hoe maak je een dotplot? (38) wat kan je herkennen in een dotplot - repetities .. je krijgt deel van dotplot en je moet zeggen wat er gebeurt(42) betekenis?(51) pairwise alignment(53) !! kunnen toepassen (61) verschil tussen globale en lokale allignering (72) dynamic programming: wat is dit (73) wat is goede en wat is slechte allignment? je kan matrix krijgen! moet je kunnen invullen (85) smith-waterman !!(92)
HF5 blosum ! wanneer gebruik je ze?(44) database similarity searching !! (47) waarom ? belangrijkste families van programmas (fasta & blast) welke kenmerken ? blast : globaal & lokaal familieleden kennen + waarvoor gebruikt (51) !! verschillende stappen kennen (52) bitscore + e-value def kennen!! (69) selectie werkt op proteïneniveau!! (73) verschil blast & fasta (74) evalue afhankelijk van de grootte van de databank - (107) evalue zal volgend jaar kleiner zijn, omdat volgend jaar de databank normaal groter zal zijn. Dus toeval dat je dat tegenkomt is kleiner. wat is dit?(109) BLAT algorithm - waarvoor staat het ?(114) FASTA , welke stappen , hoe gebeurt het? Fasta & blast zijn heuristische algoritmen - def kennen (119) veel sneller dan de klassieke Geef me alle algoritmen om te zoeken (121) verschil blast & fasta !! (131) !! (134) verschillende stappen van fasta kunnen opnoemen laatste voorbeeldvraag elvis lives , waarom belangrijk ? Hoe zoek je naar korte sequenties? (151) kleiner dan 10 = hit per toeval vind je kleinere sequenties veel meer
HF6 multiple sequence allignering !(1) wat is multiple sequence allignering? (6) de regels kennen(7) clustalW (13) wat is consensussequentie (14) wat zijn profielen en positiespecifieke scorematrix? (15) hoe bereken je een positiespecifieke scorematrix (16) - belangrijkste stappen - achtergrond - 0.25 Hoe gebruik je dit om een score voor een bepaalde sequentie te berekenen?(17) psi-blast & phi-blast !! (18) Hoe gebeuren die (19) al de stappen kennen ! waarvoor gebruik je die? - om homologen te vinden die je in een gewone blast niet vindt verschillende stappen !!(33) de algoritmen (44) clustal ! definitie (clustering alignment) voordelen (45) 3 stappen (46) 1ste stap k-tuple (47) = alle woorden met k karakters afstand berekenen distance matrix (49) 2de stap 3de stap multiple allignment Hoe? sequentie-sequentie seq-profiel profiel-profiel nadelen (58) T-coffee alleen kennen van naam Jalview kennen van naam & waarvoor het dient allignmenteditor toepassingen van MSA (68)
HF7 Wat zijn motieven? bestaat in dna-sequenties er zijn verschillende soorten motieven in proteïnen !! regulatie van genexpressie ( kunnen voorspellen wat is een promoter?(19) onderliggende hypothesen !! (26) co-expressie ! (27) ! (29) bindingsites werken niet individueel, maar wel in combinatie met elkaar (modules) welke modellen zijn er? (30) meest gebruikte (PWM) (33) weten dat er complexe modellen zijn verschillende manieren om motieven voor te stellen (35) consensus frequency matrix logo (37) niet kennen methoden kennen om motieven te vinden (40) Hoe ga je van alignering van motieven naar frequentiematrix (46) frequentiematrix(49) nadelen kennen ! waarschijnlijkheid (55) waarom cut-off nodig? rol vd achtergronddistributie(67) manier waarop we nieuwe, nog onbekende sites ontdekken(75) gibbs sampling (79) basisidee kennen meme, de naam kennen phylogenetic footprinting !! (106-107) idee kennen:blokken die bewaard bleven in de evolutie, wss belangrijk
HF8 def homology modelling waarop gebasseerd? stappen waaruit homology modelling bestaat !!(45) refine: energetische minimalisatie ! (75) twilight zone (76) swiss model wat is dit? stap voor stap ! (114)
HF9 genpredictie wat zijn de basiskenmerken om in een sequentie genen te voorspellen (7) - zoeken naar openreadingframes dit wijst op coderend gedeelte van het genoom ORF hoe ga je exons en introns herkennen? splicing sites samenstelling: werken met codons gen heeft altijd dezelfde structuur; hier gebruik van maken (15) rest van de slides - illustratie manieren om splicesites te ontdekken (23) GENSCAN (41) HMM (50-52) definitie kennen Waarom is genpredictie in prokaryoten eenvoudiger dan in eukaryoten? (55) al na 65 niet kennen !
HF10: alleen theoretische vragen Wat is DNA microarray (3) waarop gebasseerd? complementaire hybridisatie hoe worden ze gemaakt? 3 soorten (14) 2de is de klassieke 3de is de variant verschil tussen gespotte genchips en de affymetrix (17) - rood & groen verschil goed kennen !(19) principe kennen van competitie .. ! (36) waarom normalisatie? (46) doel van microarrays(55) wat is clustering, waarom pas je het toe? genen worden in groep gezet (groepering) co-expressie betekent wss coregulatie MAML (75) lijkt op html
HF11: vooral praktische vragen wat is proteomics kennen (3) (5) sterk gebasseerd op proteïnedatabanken welke databanken specialiseren zich hierin Hoe kan je zoeken in deze databanken? entrez : belangrijk portaal (16) functies(37) wat is een ontologie (def) gene onthology
Mr. V 2de jaar BIT
Aantal berichten : 92 Woonplaats : oostende Registration date : 30-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken di dec 30, 2008 8:05 am
niet dat het veel uitmaakt maar smileys gan eruit met code tags
Code:
[quote="Lamylar"]dit is van griet (beter dan het mijne en da van davy tope :o)
[quote="griet"]theoretisch: zonder pc praktisch: met pc
voorbeeldvragen zeer belangrijk!
HF1a: dia 33-34 kennen welke soorten databanken zijn er? belangrijkste sequentiedatabanken? + voor- & nadelen Refseq
uniprot: universele databank, combinatie van individuele (28)
HF1b: dia 10,12 goed kennen! wat is unigene (24) primaire genoom databanken kunnen opnoemen (45) wanneer ucsc en wanneer ensembl (48) (beschikbare genoomsequenties)
ucsc : praktisch
HF2a NCBI --> unigene praktisch, voorbeeldvraag24; de grens van zoektocht met limieten instellen !!
HF2b Geef mij het eerste exon van een bepaald gen - sequentie ervan je krijgt excessienummer ervan ensembl uscs ncbi voorbeeldvraag 26 !!
HF3a belang van genomebrowsers zeker enkele vragen hiervan
HF4 sequentieallignering waarom gelanceerd, waarom interessant? def van homoloog gemeensch voorouder verschil tussen homoloog, ortholoog ... (7) similariteit (10) definitie dotplot kennen (35) voorbeeldvraag 11 conservatieve substituties ea(27) wat is een affine gap penalty (22) matrices voor proteïnesubstituties blosum en pam !! dotplot ! hoe maak je een dotplot? (38) wat kan je herkennen in een dotplot - repetities .. je krijgt deel van dotplot en je moet zeggen wat er gebeurt(42) betekenis?(51) pairwise alignment(53) !! kunnen toepassen (61) verschil tussen globale en lokale allignering (72) dynamic programming: wat is dit (73) wat is goede en wat is slechte allignment? je kan matrix krijgen! moet je kunnen invullen (85) smith-waterman !!(92)
HF5 blosum ! wanneer gebruik je ze?(44) database similarity searching !! (47) waarom ? belangrijkste families van programmas (fasta & blast) welke kenmerken ? blast : globaal & lokaal familieleden kennen + waarvoor gebruikt (51) !! verschillende stappen kennen (52) bitscore + e-value def kennen!! (69) selectie werkt op proteïneniveau!! (73) verschil blast & fasta (74) evalue afhankelijk van de grootte van de databank - (107) evalue zal volgend jaar kleiner zijn, omdat volgend jaar de databank normaal groter zal zijn. Dus toeval dat je dat tegenkomt is kleiner. wat is dit?(109) BLAT algorithm - waarvoor staat het ?(114) FASTA , welke stappen , hoe gebeurt het? Fasta & blast zijn heuristische algoritmen - def kennen (119) veel sneller dan de klassieke Geef me alle algoritmen om te zoeken (121) verschil blast & fasta !! (131) !! (134) verschillende stappen van fasta kunnen opnoemen laatste voorbeeldvraag elvis lives , waarom belangrijk ? Hoe zoek je naar korte sequenties? (151) kleiner dan 10 = hit per toeval vind je kleinere sequenties veel meer
HF6 multiple sequence allignering !(1) wat is multiple sequence allignering? (6) de regels kennen(7) clustalW (13) wat is consensussequentie (14) wat zijn profielen en positiespecifieke scorematrix? (15) hoe bereken je een positiespecifieke scorematrix (16) - belangrijkste stappen - achtergrond - 0.25 Hoe gebruik je dit om een score voor een bepaalde sequentie te berekenen?(17) psi-blast & phi-blast !! (18) Hoe gebeuren die (19) al de stappen kennen ! waarvoor gebruik je die? - om homologen te vinden die je in een gewone blast niet vindt verschillende stappen !!(33) de algoritmen (44) clustal ! definitie (clustering alignment) voordelen (45) 3 stappen (46) 1ste stap k-tuple (47) = alle woorden met k karakters afstand berekenen distance matrix (49) 2de stap 3de stap multiple allignment Hoe? sequentie-sequentie seq-profiel profiel-profiel nadelen (58) T-coffee alleen kennen van naam Jalview kennen van naam & waarvoor het dient allignmenteditor toepassingen van MSA (68)
HF7 Wat zijn motieven? bestaat in dna-sequenties er zijn verschillende soorten motieven in proteïnen !! regulatie van genexpressie (8) kunnen voorspellen wat is een promoter?(19) onderliggende hypothesen !! (26) co-expressie ! (27) ! (29) bindingsites werken niet individueel, maar wel in combinatie met elkaar (modules) welke modellen zijn er? (30) meest gebruikte (PWM) (33) weten dat er complexe modellen zijn verschillende manieren om motieven voor te stellen (35) consensus frequency matrix logo (37) niet kennen methoden kennen om motieven te vinden (40) Hoe ga je van alignering van motieven naar frequentiematrix (46) frequentiematrix(49) nadelen kennen ! waarschijnlijkheid (55) waarom cut-off nodig? rol vd achtergronddistributie(67) manier waarop we nieuwe, nog onbekende sites ontdekken(75) gibbs sampling (79) basisidee kennen meme, de naam kennen phylogenetic footprinting !! (106-107) idee kennen:blokken die bewaard bleven in de evolutie, wss belangrijk
HF8 def homology modelling waarop gebasseerd? stappen waaruit homology modelling bestaat !!(45) refine: energetische minimalisatie ! (75) twilight zone (76) swiss model wat is dit? stap voor stap ! (114)
HF9 genpredictie wat zijn de basiskenmerken om in een sequentie genen te voorspellen (7) - zoeken naar openreadingframes dit wijst op coderend gedeelte van het genoom ORF hoe ga je exons en introns herkennen? splicing sites samenstelling: werken met codons gen heeft altijd dezelfde structuur; hier gebruik van maken (15) rest van de slides - illustratie manieren om splicesites te ontdekken (23) GENSCAN (41) HMM (50-52) definitie kennen Waarom is genpredictie in prokaryoten eenvoudiger dan in eukaryoten? (55) al na 65 niet kennen !
HF10: alleen theoretische vragen Wat is DNA microarray (3) waarop gebasseerd? complementaire hybridisatie hoe worden ze gemaakt? 3 soorten (14) 2de is de klassieke 3de is de variant verschil tussen gespotte genchips en de affymetrix (17) - rood & groen verschil goed kennen !(19) principe kennen van competitie .. ! (36) waarom normalisatie? (46) doel van microarrays(55) wat is clustering, waarom pas je het toe? genen worden in groep gezet (groepering) co-expressie betekent wss coregulatie MAML (75) lijkt op html
HF11: vooral praktische vragen wat is proteomics kennen (3) (5) sterk gebasseerd op proteïnedatabanken welke databanken specialiseren zich hierin Hoe kan je zoeken in deze databanken? entrez : belangrijk portaal (16) functies(37) wat is een ontologie (def) gene onthology [/quote][/quote]
morf 2de jaar BIT
Aantal berichten : 95 Leeftijd : 35 Woonplaats : Zwevegem Registration date : 26-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken di dec 30, 2008 9:35 am
Thank you !!
Lamylar 2de jaar BIT+ admin
Aantal berichten : 143 Leeftijd : 34 Woonplaats : Gistel Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken di jan 06, 2009 6:25 am
sommige dingen waaren niet volledig, hieronder is te vinden wat ik opgeschreven heb er zijn verschillen!
Code:
Les 1: databanken Welke soorten databanken zijn er? wat zijn de belangrijkste sequentiedatabanken? verschillende sequentieformaten kennen. wat is refseq? UCSCpraktische gedeelte
Wat maakt een goede databank? types databanken wat zijn de belangrijkste sequentiedatabanken? geef de belangrijkste sequentiedatabanken en geef hun voor en nadelen.
Genoom databanken praktisch gedeelte Ze kunnen opnoenmen
Verklaren waarom je deze genoom databank gebruikt en niet een andere
Wat is unigene
Geef mij de sequentie van het eerste exon van een bepaald gen Sequentie aligneringen Definitie van homoloog Verschil tussen homology orthology en paralogy kennen Verschil kennen tussen frequentie similariteit en identiteit Principe van een dotplot kennen aligneering scoren aan dehand van een score matrix Wat is een conservatieve substitutie Wat is een afine gap penalty Wat is het verschil met een lineaire gap penalty Verschillende matrices dot plot wat kan je herkennen in een dotplot, repetities inversies en deleties pairwise alignment + concept van dynamic programming + toepassen verschil tussen globale alignering en locale alignering wat is een needle mann wunsh wat is dynamic programming probleem opbreken in kleinere handelbare problemen wat is een goed en wat is een slecht alignment wunsh kunnen toepasen wat is smith waterman hoe van pam 1 naar een pam X(nr) gaan wanneer gebruik je welke matrix database similarity searching waarom doet men dat wat zijn de belangrijkste families van tools om dat te doen wat zijn de kenmerken wat zijn de familieleden van blast en waarvoor worden ze gebruikt? Verschillende stappen kennen in blast algoritme Wat is de evalue en wat is de bit score def kennen Wat is het verschil tussen blast en fasta Evalue= expectantie value Blat=blastlikealagnment tool ontwikkeld voor genoom projecten Fasta verschilende stappen In wat verschillen fasta en blast van een needleman wunsh Fasta en blaast zijn een heuristisch algoritme Geef me alle algoritmen om te gaan zoeken Geef de verschillen tussen fasta en blast Wanneer is een hit significant Zoeken naar kleine stukjes peptide, e value instellen op 10 000 of 100 000 Wat is een multiple sequence alignment Wat is een consensus sequentie Wat zijn profielen en positiespecefieke score matrices Weten hoe je zo’n pssm gebruikt voor een score te berekenen Wat is een psi en een phi blast? Hoe gebeurt dat phi en psi blast? Stappen kennen Waarvoor gebruikt men een psi en een phi blast om heel vere homologen te zoeken (is veel gevoeliger dan een gewone blast) Clutal algoritme kennen Def clustal (clustering allignment) kennen De stappen van clustal kennen Wat is ee k-tuppel Wanneer gebruik je een k-tuppel matching en wanneer een full dynamic programming Distance matrix kennen en kunnen gebruiken Nadelen van clustal kennen t-coffe enkel kennen van naam allignment editing jalview kennen van naam en weten waarvoor het dient toepassingen van multiple sequence allignment
sequentiemotieven
promotors en motieven is belangrijk weten wat een promotor is weten wat het verschil is tussen nen tatabox en die andere warom zijn we er in geintereseerd waarom is dat moeilijk.? !!!slide 26 les 7 coexpresssieregulaties Weten wat de verschillende manieren zijn Welke modelen zijn er voor binding sites Welke zijn de verschillende manieren om motieven voor te stellen+ defenities Welke zijn de methoden om motieven te vinden Hoe gaat ge van nen aligneering van motieven naar een frequentiematrix Wat is een frequentiematrix Wat zijn de nadeelen van de frequentiematrix De waarschijnlijkheidsratio Wat isde rol van de achtergrond distributie wat gebeurt er als je die veranderd Greedy algorithm niet kennen Gibsssampling: basis idee kennen Meme kennen en waarvoor het gebruikt wordt Wat is het ide van phylogenetic footprinting Op welke hypothese is phylogenetic footprinting gebaseerd Hoe herken je exons en introns splicing sites samenstelling gen heeft altijd zelfde structuur Wat zijn de manieren om splice sites te gaan ontdekken? Waarom is genpredictie bij prokaryoten eenvoudiger dan bij eukaryoten Les 9 tot aan slide 65 ofzo de rest moet je niet kennen Microarrays weten hoe het in zijn werk gaat. Complementaire hybridisatie! Vergelijk spotted vs genechips microarays Hoe kunt ge zoeken binnen die proteomics databanken: entrez Protein family databanken kennen Protein functies kennen
Lamylar 2de jaar BIT+ admin
Aantal berichten : 143 Leeftijd : 34 Woonplaats : Gistel Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken wo jan 07, 2009 3:11 am
effe een vraagje waarvoord dient de background distribution (les 7 slide 67)
dank bij voorbaat
onean 2de jaar BIT
Aantal berichten : 95 Leeftijd : 36 Woonplaats : lol Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken wo jan 07, 2009 5:21 am
voor zover dak et weet is da de relatieve aanwezigheid van nucleotiden in het genoom
Jolle 2de jaar BIT
Aantal berichten : 16 Leeftijd : 35 Woonplaats : Kortrijk Registration date : 30-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken wo jan 07, 2009 6:35 am
Over die Background distribution...
Ge moe in die matrix na da je die "raw frequenties" hebt berekend da normalizeren me die background distributie ma wukn bewerking moei dan doen vo die getallekes te bekomen da em daarna bekomt? (das trouwens les 6 dia 16)
Nog iets, Gaan we de programma's da we emn moetn downloaden in de les moetn gebruiken opt examen engaan we mogen onze eigen laptop gebruiken?
Mr. V 2de jaar BIT
Aantal berichten : 92 Woonplaats : oostende Registration date : 30-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 6:14 am
alignements op ensembl werken op dit ogenblik nog niet GG plus ze tutorial is outdated serieus outdated...
Djespur 2de jaar BIT
Aantal berichten : 68 Leeftijd : 36 Woonplaats : Brugge Registration date : 25-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 6:29 am
Mr. V schreef:
alignements op ensembl werken op dit ogenblik nog niet GG plus ze tutorial is outdated serieus outdated...
Idd de helft (alst al nie alles is) is vernieuwd en sommige dingen kan je zelfs nie meer terugvinden
meisj 2de jaar BIT
Aantal berichten : 11 Leeftijd : 35 Woonplaats : Staden Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 6:56 am
Jolle schreef:
Over die Background distribution...
Ge moe in die matrix na da je die "raw frequenties" hebt berekend da normalizeren me die background distributie ma wukn bewerking moei dan doen vo die getallekes te bekomen da em daarna bekomt? (das trouwens les 6 dia 16)
Nog iets, Gaan we de programma's da we emn moetn downloaden in de les moetn gebruiken opt examen engaan we mogen onze eigen laptop gebruiken?
Voor die log? Dat is dan log(x)/log(2) op je rekenmachine. Omdat ik niet weet hoe je anders de 2log invoert. & Die programma's gaan we wel moeten gebruiken, ons laptop verzekers wel niet ^^
Lamylar 2de jaar BIT+ admin
Aantal berichten : 143 Leeftijd : 34 Woonplaats : Gistel Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 6:58 am
je moet echt gin formules kennen wi:o kpeisn datn da zelfs gezegd eeft of wel?
kpeisn wel dam onze laptop ga mogen gebruiken aangezien dam anders die programmas niemi gon en en nog aal gon moeten downloaden:(
Lamylar 2de jaar BIT+ admin
Aantal berichten : 143 Leeftijd : 34 Woonplaats : Gistel Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 8:17 am
wat is nu eigenlijk precies het verschil tussen pam en blossum waneer gebruiken we het een en waneer het ander?
Djespur 2de jaar BIT
Aantal berichten : 68 Leeftijd : 36 Woonplaats : Brugge Registration date : 25-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 8:53 am
Lamylar schreef:
wat is nu eigenlijk precies het verschil tussen pam en blossum waneer gebruiken we het een en waneer het ander?
Is niet alles maar toch iets...
BLOSUM gebruikt men om aligneringen tussen evolutionair divergente eiwitsequenties een score te geven. BLOSUM is gebaseerd op local alignment. PAM wordt gebruikt om dicht gerelateerde eiwitfamilies te onderzoeken. Het is een substitutiematrix
De rest weetek ook nie
Mr. V 2de jaar BIT
Aantal berichten : 92 Woonplaats : oostende Registration date : 30-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 9:36 am
wat is nu het grote verschil tussen local en global alignement? globaal is over heel de sequentie? locaal is enkel waar je een match hebt????
Lamylar 2de jaar BIT+ admin
Aantal berichten : 143 Leeftijd : 34 Woonplaats : Gistel Registration date : 24-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 9:54 am
Mr. V schreef:
wat is nu het grote verschil tussen local en global alignement? globaal is over heel de sequentie? locaal is enkel waar je een match hebt????
der staat echt nen pracht van nen tekeningetje in de slides kweetn nie precies wuffere slide anyways.
globaal= de volledige sequentie wordt gealineerd locaal is in stukjes
globaal is met de straffen en lokaal is met de 0 alst nie overeen komt Global alignments, which attempt to align every residue in every sequence, are most useful when the sequences in the query set are similar and of roughly equal size. Local alignments are more useful for dissimilar sequences that are suspected to contain regions of similarity or similar sequence motifs within their larger sequence context.
Mr. V 2de jaar BIT
Aantal berichten : 92 Woonplaats : oostende Registration date : 30-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 12:20 pm
Lamylar schreef:
wat is nu eigenlijk precies het verschil tussen pam en blossum waneer gebruiken we het een en waneer het ander?
voor pam vondik dit
Code:
PAM = Point Accepted Mutations Observed variations groups of sequences at least 85% similar, estimated substitutions in a group of evolving proteins represent substitutions that do not significantly alter protein structure/function, so “accepted” by natural selection
en voor blosum
Code:
BLOSUM matrices are based on local alignments BLOSUM = BLOcks SUbstitution Matrix Sequences within segments clustered into blocks based on % identity en All BLOSUM matrices are based on observed alignments; they are not extrapolated from comparisons of closely related proteins. The BLOCKS database contains thousands of groups of multiple sequence alignments. BLOSUM62 is the default matrix in BLAST 2.0.
dus... het is veilig om te zeggen dat beide score matrices zijn.
Mr. V 2de jaar BIT
Aantal berichten : 92 Woonplaats : oostende Registration date : 30-09-08
Onderwerp: Re: sequentiedatabanken do jan 08, 2009 12:38 pm
goeie uitleg over werking van microarray, wat uit zijn dia's haal ik het niet... microarray