sequentiedatabanken

[quote="Lamylar"]dit is van griet (beter dan het mijne en da van davy tope :o)

[quote="griet"]theoretisch: zonder pc
praktisch: met pc

voorbeeldvragen zeer belangrijk!



HF1a: dia 33-34 kennen
welke soorten databanken zijn er?
belangrijkste sequentiedatabanken? + voor- & nadelen
   Refseq

uniprot: universele databank, combinatie van individuele (28)


HF1b: dia 10,12 goed kennen!
   wat is unigene (24)
   primaire genoom databanken kunnen opnoemen (45)
   wanneer ucsc en wanneer ensembl (48)
      (beschikbare genoomsequenties)

ucsc : praktisch

HF2a
NCBI --> unigene
praktisch, voorbeeldvraag24; de grens van zoektocht met limieten instellen !!

HF2b
Geef mij het eerste exon van een bepaald gen - sequentie ervan
je krijgt excessienummer ervan
   ensembl
   uscs 
   ncbi
voorbeeldvraag 26 !!


HF3a
belang van genomebrowsers
zeker enkele vragen hiervan

   
HF4
sequentieallignering
waarom gelanceerd, waarom interessant?
def van homoloog
gemeensch voorouder
verschil tussen homoloog, ortholoog ... (7)
similariteit (10)
definitie dotplot kennen (35)
voorbeeldvraag 11
conservatieve substituties ea(27)
wat is een affine gap penalty (22)
matrices voor proteïnesubstituties
blosum en pam !!
dotplot !
hoe maak je een dotplot? (38)
wat kan je herkennen in een dotplot - repetities ..
je krijgt deel van dotplot en je moet zeggen wat er gebeurt(42)
betekenis?(51)
pairwise alignment(53) !!
kunnen toepassen (61)
verschil tussen globale en lokale allignering (72)
dynamic programming: wat is dit (73)
wat is goede en wat is slechte allignment?
je kan matrix krijgen! moet je kunnen invullen (85)
smith-waterman !!(92)

HF5
blosum ! wanneer gebruik je ze?(44)
database similarity searching !! (47)
   waarom ?
   belangrijkste families van programmas (fasta & blast)
   welke kenmerken ?
      blast : globaal & lokaal
         familieleden kennen + waarvoor gebruikt (51) !!
         verschillende stappen kennen (52)
bitscore + e-value def kennen!! (69)
selectie werkt op proteïneniveau!! (73)
verschil blast & fasta (74)
evalue afhankelijk van de grootte van de databank - (107)
evalue zal volgend jaar kleiner zijn, omdat volgend jaar de databank normaal
   groter zal zijn. Dus toeval dat je dat tegenkomt is kleiner.
wat is dit?(109)
BLAT algorithm - waarvoor staat het ?(114)
FASTA , welke stappen , hoe gebeurt het?
Fasta & blast zijn heuristische algoritmen - def kennen (119)
   veel sneller dan de klassieke
Geef me alle algoritmen om te zoeken (121)
verschil blast & fasta !! (131)
!! (134)
verschillende stappen van fasta kunnen opnoemen
laatste voorbeeldvraag
elvis lives , waarom belangrijk ?
   Hoe zoek je naar korte sequenties? (151)
   kleiner dan 10 = hit
   per toeval vind je kleinere sequenties veel meer


HF6
multiple sequence allignering !(1)
wat is multiple sequence allignering? (6)
de regels kennen(7)
clustalW (13)
wat is consensussequentie (14)
wat zijn profielen en positiespecifieke scorematrix? (15)
hoe bereken je een positiespecifieke scorematrix (16)
   - belangrijkste stappen
   - achtergrond  -  0.25
Hoe gebruik je dit om een score voor een bepaalde sequentie te berekenen?(17)
psi-blast & phi-blast !! (18)
Hoe gebeuren die (19)
   al de stappen kennen !
   waarvoor gebruik je die? - om homologen te vinden die je in een
               gewone blast niet vindt
verschillende stappen !!(33)
de algoritmen (44)
   clustal !
      definitie (clustering alignment)
      voordelen (45)
      3 stappen (46)
   1ste stap   
      k-tuple (47)
         = alle woorden met k karakters
      afstand berekenen
      distance matrix (49)
   2de stap
   3de stap
      multiple allignment
      Hoe?
         sequentie-sequentie
         seq-profiel
         profiel-profiel
         nadelen (58)
T-coffee alleen kennen van naam
Jalview kennen van naam & waarvoor het dient
   allignmenteditor
toepassingen van MSA (68)



HF7
Wat zijn motieven?
   bestaat in dna-sequenties
   er zijn verschillende soorten
   motieven in proteïnen !!
   regulatie van genexpressie (8)
      kunnen voorspellen
wat is een promoter?(19)
onderliggende hypothesen !! (26)
   co-expressie
! (27)
! (29)
   bindingsites werken niet individueel, maar wel in combinatie met elkaar
                     (modules)
welke modellen zijn er? (30)
meest gebruikte (PWM) (33)
weten dat er complexe modellen zijn
verschillende manieren om motieven voor te stellen (35)
   consensus
   frequency matrix
   logo
(37) niet kennen
methoden kennen om motieven te vinden (40)
Hoe ga je van alignering van motieven naar frequentiematrix (46)
frequentiematrix(49)
   nadelen kennen !
waarschijnlijkheid (55)
waarom cut-off nodig?
rol vd achtergronddistributie(67)
manier waarop we nieuwe, nog onbekende sites ontdekken(75)
gibbs sampling (79)
   basisidee kennen
meme, de naam kennen
phylogenetic footprinting !! (106-107)
   idee kennen:blokken die bewaard bleven in de evolutie,
         wss belangrijk



HF8
def homology modelling
waarop gebasseerd?
stappen waaruit homology modelling bestaat !!(45)
   refine: energetische minimalisatie
! (75)
twilight zone (76)
swiss model
   wat is dit?
   stap voor stap
! (114)
   



HF9
genpredictie
wat zijn de basiskenmerken om in een sequentie genen te voorspellen (7)
   - zoeken naar openreadingframes
      dit wijst op coderend gedeelte van het genoom
   ORF
hoe ga je exons en introns herkennen?
   splicing sites
samenstelling: werken met codons
gen heeft altijd dezelfde structuur; hier gebruik van maken (15)
rest van de slides - illustratie
manieren om splicesites te ontdekken (23)
GENSCAN
(41)
HMM (50-52)
   definitie kennen
Waarom is genpredictie in prokaryoten eenvoudiger dan in eukaryoten? (55)
al na 65 niet kennen !




HF10: alleen theoretische vragen
Wat is DNA microarray (3)
waarop gebasseerd?
   complementaire hybridisatie
hoe worden ze gemaakt?
   3 soorten (14)
      2de is de klassieke
      3de is de variant
verschil tussen gespotte genchips en de affymetrix (17)
   - rood & groen
verschil goed kennen !(19)
principe kennen van competitie ..
! (36)
waarom normalisatie? (46)
doel van microarrays(55)
wat is clustering, waarom pas je het toe?
   genen worden in groep gezet (groepering)
   co-expressie betekent wss coregulatie
MAML (75)
   lijkt op html





HF11: vooral praktische vragen
wat is proteomics
kennen (3)
(5)
sterk gebasseerd op proteïnedatabanken
welke databanken specialiseren zich hierin
Hoe kan je zoeken in deze databanken?
entrez : belangrijk portaal (16)
functies(37)
wat is een ontologie (def)
gene onthology
 [/quote][/quote]

Les 1: databanken
Welke soorten databanken zijn er?
wat zijn de belangrijkste sequentiedatabanken?
verschillende sequentieformaten kennen.
wat is refseq?
UCSCpraktische gedeelte

Wat maakt een goede databank?
types databanken
wat zijn de belangrijkste sequentiedatabanken?
geef de belangrijkste sequentiedatabanken en geef hun voor en nadelen.

Genoom databanken  praktisch gedeelte
   Ze kunnen opnoenmen

Verklaren waarom je deze genoom databank gebruikt en niet een andere

Wat is unigene
   
Geef mij de sequentie van het eerste exon van een bepaald gen
Sequentie aligneringen
Definitie van homoloog
Verschil tussen homology orthology en paralogy kennen
Verschil kennen tussen frequentie similariteit en identiteit
Principe van een dotplot kennen
aligneering scoren aan dehand van een score matrix
Wat is een conservatieve substitutie
Wat is een afine gap penalty
Wat is het verschil met een lineaire gap penalty
Verschillende matrices
dot plot
 wat kan je herkennen in een dotplot, repetities inversies en deleties
pairwise alignment + concept van dynamic programming  + toepassen
verschil tussen globale alignering en locale alignering
wat is een needle mann wunsh
wat is dynamic programming  probleem opbreken in kleinere handelbare problemen
wat is een goed en wat is een slecht alignment
wunsh kunnen toepasen
wat is smith waterman
hoe van pam 1 naar een pam X(nr) gaan
wanneer gebruik je welke matrix
database similarity searching
waarom doet men dat
wat zijn de belangrijkste families van tools om dat te doen
wat zijn de kenmerken
wat zijn de familieleden van blast en waarvoor worden ze gebruikt?
Verschillende stappen kennen in blast algoritme
Wat is de evalue en wat is de bit score  def kennen
Wat is het verschil tussen blast en fasta
Evalue= expectantie value
Blat=blastlikealagnment tool ontwikkeld voor genoom projecten
Fasta verschilende stappen
In wat verschillen fasta en blast van een needleman wunsh
   Fasta en blaast zijn een heuristisch algoritme
Geef me alle algoritmen om te gaan zoeken
Geef de verschillen tussen fasta en blast
Wanneer is een hit significant
Zoeken naar kleine stukjes peptide, e value instellen op 10 000 of 100 000
Wat is een multiple sequence alignment
Wat is een consensus sequentie
Wat zijn profielen en positiespecefieke score matrices
Weten hoe je zo’n pssm gebruikt voor een score te berekenen
Wat is een psi en een phi blast?
Hoe gebeurt dat phi en psi blast? Stappen kennen
Waarvoor gebruikt men een psi en een phi blast  om heel vere homologen te zoeken (is veel gevoeliger dan een gewone blast)
Clutal algoritme kennen
Def clustal (clustering allignment) kennen
De stappen van clustal kennen
Wat is ee k-tuppel
Wanneer gebruik je een k-tuppel matching en wanneer een full dynamic programming
Distance matrix kennen en kunnen gebruiken
Nadelen van clustal kennen
t-coffe enkel kennen van naam
allignment editing jalview kennen van naam en weten waarvoor het dient
toepassingen van multiple sequence allignment

sequentiemotieven


promotors en motieven is belangrijk
weten wat een promotor is
weten wat het verschil is tussen nen tatabox en die andere
warom zijn we er in geintereseerd
waarom is dat moeilijk.?
!!!slide 26 les 7  coexpresssieregulaties
Weten wat de verschillende manieren zijn
Welke modelen zijn er voor binding sites
Welke zijn de verschillende manieren om motieven voor te stellen+ defenities
Welke zijn de methoden om motieven te vinden
Hoe gaat ge van nen aligneering van motieven naar een frequentiematrix
Wat is een frequentiematrix
Wat zijn de nadeelen van de frequentiematrix
De waarschijnlijkheidsratio
Wat isde rol van de achtergrond distributie wat gebeurt er als je die veranderd
Greedy algorithm niet kennen
Gibsssampling: basis idee kennen
Meme kennen en waarvoor het gebruikt wordt
Wat is het ide van phylogenetic footprinting
Op welke hypothese is phylogenetic footprinting gebaseerd
Hoe herken je exons en introns  splicing sites
            samenstelling
            gen heeft altijd zelfde structuur
Wat zijn de manieren om splice sites te gaan ontdekken?
Waarom is genpredictie bij prokaryoten eenvoudiger dan bij eukaryoten
Les 9 tot aan slide 65 ofzo de rest moet je niet kennen
Microarrays weten hoe het in zijn werk gaat.
Complementaire hybridisatie!
Vergelijk spotted vs genechips microarays
Hoe kunt ge zoeken binnen die proteomics databanken: entrez
Protein family databanken kennen
Protein functies kennen

PAM = Point Accepted Mutations
Observed variations groups of sequences at least 85% similar, estimated substitutions in a group of evolving proteins
represent substitutions that do not significantly alter protein structure/function, so “accepted” by natural selection

BLOSUM matrices are based on local alignments
BLOSUM = BLOcks SUbstitution Matrix
Sequences within segments clustered into blocks based on % identity
 en
All BLOSUM matrices are based on observed alignments; they are not extrapolated from comparisons of closely related proteins.
The BLOCKS database contains thousands of groups of multiple sequence alignments.
BLOSUM62 is the default matrix in BLAST 2.0.